완전 모회사/ 자회사/ 손자회사의 무증자 합병(상담사례)
한길합동법무사사무소 · 법무사 염춘필 · 2025. 5. 19.
결론모회사가 손자회사를 합병할 경우 법인세법상 적격합병이 아니므로, 적격합병 요건에 맞추기 위해 순차적인 합병을 하는 것으로 이해하고 있습니다.
C의 주식 전부를 A가 인수하여 B와 C를 A의 완전 자회사로 만들어 놓은 후 3자간에 합병(A가 존속회사, B와 C가 소멸회사)을 하면 한 차례 합병으로 마무리되므로 신속하게 합병을 끝낼 수 있습니다.
회사 담당 이사는 상담이 끝난 후 회계법인과 상의를 하여 결정하겠다고 말했고, 상담 다음날에 염법이 제안한 바와 같이 진행하기로 결정했습니다.
최근 상담 사례를 하나 올려 놓습니다.
1. 상담 사례
주식회사 A는 주식회사 B의 지분을 100% 가지고 있습니다. A가 완전 모회사, B가 완전 자회사입니다. B는 주식회사 C의 주식 100%를 가지고 있습니다. 그런데 B와 C는 완전 자본잠식 상태입니다. A가 B와 C를 합병을 하려 하는데, 회사는 먼저 B가 C를 합병하고, B와 C의 합병이 끝나면 A와 B를 합병할 생각입니다.
이 합병을 위해 염춘필 법무사와 상담을 합니다. 염춘필 법무사는 아래와 같은 방법을 대안으로 제시합니다.
2. 순차적 합병과 적격합병
사례와 같은 경우 A가 B와 C를 합병하는 것을 목표로 하는 것으로 판단합니다. 다만 모회사인 A가 손자회사인 C를 합병할 경우 법인세법상 적격합병이 아니므로, 법인세법상 적격합병 요건에 맞추기 위해 순차적인 합병을 하는 것으로 이해하고 있습니다. (100% 자회사를 무증자 합병을 할 경우 법인세법 상 적격합병이되며, 완전손자회사와 합병을 할 때에는 100% 손자회사이면서 무증자 합병을 하더라도 법인세법상 적격합병에 해당하지 않습니다.)
법인세법 제44조(합병 시 피합병법인에 대한 과세)
제44조(합병 시 피합병법인에 대한 과세)① 피합병법인이 합병으로 해산하는 경우에는 그 법인의 자산을 합병법인에 양도한 것으로 본다. 이 경우 그 양도에 따라 발생하는 양도손익(제1호의 가액에서 제2호의 가액을 뺀 금액을 말한다. 이하 이 조 및 제44조의3에서 같다)은 피합병법인이 합병등기일이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금 또는 손금에 산입한다.1. 피합병법인이 합병법인으로부터 받은 양도가액2. 피합병법인의 합병등기일 현재의 자산의 장부가액 총액에서 부채의 장부가액 총액을 뺀 가액(이하 이 관에서 "순자산 장부가액"이라 한다)② 제1항을 적용할 때 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 합병(이하 "적격합병"이라 한다)의 경우에는 제1항제1호의 가액을 피합병법인의 합병등기일 현재의 순자산 장부가액으로 보아 양도손익이 없는 것으로 할 수 있다. 다만, 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 제2호ㆍ제3호 또는 제4호의 요건을 갖추지 못한 경우에도 적격합병으로 보아 대통령령으로 정하는 바에 따라 양도손익이 없는 것으로 할 수 있다. <개정 2011.12.31, 2017.12.19, 2018.12.24, 2021.12.21>1. 합병등기일 현재 1년 이상 사업을 계속하던 내국법인 간의 합병일 것. 다만, 다른 법인과 합병하는 것을 유일한 목적으로 하는 법인으로서 대통령령으로 정하는 법인의 경우는 본문의 요건을 갖춘 것으로 본다.2. 피합병법인의 주주등이 합병으로 인하여 받은 합병대가의 총합계액 중 합병법인의 주식등의 가액이 100분의 80 이상이거나 합병법인의 모회사(합병등기일 현재 합병법인의 발행주식총수 또는 출자총액을 소유하고 있는 내국법인을 말한다)의 주식등의 가액이 100분의 80 이상인 경우로서 그 주식등이 대통령령으로 정하는 바에 따라 배정되고, 대통령령으로 정하는 피합병법인의 주주등이 합병등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 그 주식등을 보유할 것3. 합병법인이 합병등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 피합병법인으로부터 승계받은 사업을 계속할 것. 다만, 피합병법인이 다른 법인과 합병하는 것을 유일한 목적으로 하는 법인으로서 대통령령으로 정하는 법인인 경우에는 본문의 요건을 갖춘 것으로 본다.4. 합병등기일 1개월 전 당시 피합병법인에 종사하는 대통령령으로 정하는 근로자 중 합병법인이 승계한 근로자의 비율이 100분의 80 이상이고, 합병등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 그 비율을 유지할 것③ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제2항에도 불구하고 적격합병으로 보아 양도손익이 없는 것으로 할 수 있다. <개정 2011.12.31, 2016.12.20, 2018.12.24>1. 내국법인이 발행주식총수 또는 출자총액을 소유하고 있는 다른 법인을 합병하거나 그 다른 법인에 합병되는 경우2. 동일한 내국법인이 발행주식총수 또는 출자총액을 소유하고 있는 서로 다른 법인 간에 합병하는 경우④ 제1항부터 제3항까지의 규정에 따른 양도가액 및 순자산 장부가액의 계산, 합병대가의 총합계액의 계산, 승계받은 사업의 계속 여부에 관한 판정기준 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.법령 원문 기준: 국가법령정보센터 · 시행일 20260101
리스크 · 손자회사 합병과 적격합병 — 모회사인 A가 손자회사인 C를 합병할 경우 법인세법상 적격합병이 아닙니다. 완전손자회사와 합병을 할 때에는 무증자 합병을 하더라도 법인세법상 적격합병에 해당하지 않습니다.
3. 한 차례 합병으로 마무리하는 방안
그런데 순차적인 합병을 할 경우에 거의 3개월 10일 정도 소요됩니다. 회사가 가급적 빨리 합병을 끝내고자 하므로, 제 생각에는 C의 주식 전부를 A가 인수 (완전 자본 잠식 상태이므로, 주식을 매입하는 비용이 거의 들어가지 않습니다.) 하여, B와 C를 A의 100% 자회사로 만들어 놓은 후 3자간에 합병(A가 존속회사, B와 C가 소멸회사)을 하면 한 차례 합병으로 마무리되므로 신속하게 합병을 끝낼 수 있습니다.
상업등기선례 제1-231호
채무초과상태인 주식회사를 해산회사로 하는 무증자합병등기 가부 · 현행현행 채무초과상태인 주식회사를 해산회사로 하는 무증자합병등기 가부 제정 1993.05.24 [상업등기선례 제1-231호] 채무초과상태인 주식회사를 해산회사로 하는 무증자의 회사흡수합병등기는, 존속회사가 해산회사의 주식을 전부 소유한 경우를 제외하고는 이를 할 수 없다. (1993. 5. 24. 등기 제1244호) 참조조문 : 상법 제174조, 제522조, 제523조 주) 선례 제230항, 제237항, 제243항 참조선례 원문 기준: 대법원 종합법률정보 · 선례 원문 보기 회사 담당 이사는 상담이 끝난 후 회계법인과 상의를 하여 결정하겠다고 말했습니다. 그리고 상담 다음날에 염법이 제안한 바와 같이 진행하기로 결정했습니다.
자주 묻는 질문
적격합병 요건은 어느 조문에 근거하나요?
법인세법 제44조가 합병이 세법상 적격합병이 되는 요건을 정합니다. 사례에서 합병 순서가 문제된 것도 이 조문 때문인데, 순차 합병이든 지분을 정리한 뒤의 3자 합병이든 결국 이 요건을 통과시키기 위한 설계입니다.
순차 합병 대신 지분부터 바꾸는 방법은 왜 나온 건가요?
합병 상대를 모두 100% 자회사로 만들어 법인세법 제44조의 적격 요건을 지키면서 합병 횟수를 줄이기 위해서입니다. C의 주식을 A가 가져가면 B와 C가 모두 A의 직접 100% 자회사가 되어, A가 존속하고 B와 C가 소멸하는 3자 합병 한 번으로 마무리할 수 있습니다.
합병 방식을 정하실 때에는 법인세법상 적격합병 요건에 해당하는지를 먼저 점검하시고, 지분 구조를 미리 조정한 뒤 한 차례에 합병하는 방안도 함께 검토해 보시기 바랍니다.
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